核查機構以重點碳排放單位的二氧化碳排放報告為基礎，要求重點碳排放單位提供相應的支持材料，包括但不限于：
1. 營業執照；2. 工藝流程圖；3. 物料平衡表（如有）；4. 能源平衡表；5. 能源審計報告（如有）；6. 能源統計報表。
核查機構初步判斷二氧化碳排放報告的合理性，并確定現場訪問的重點。
核查機構制定現場訪問計劃，包括訪問對象、訪問內容、訪問日期和行程安排等內容，并與重點碳排放單位進行確認。
核查發現將以書面形式反饋至重點碳排放單位，至少應對以下核查發現開具不符合項，并要求重點碳排放單位整改：
(一) 排放報告采用的核算方法不符合《核算要求》的規定；
(二) 重點碳排放單位的邊界、設施規模和排放源等基本信息與實際情況不一致；
(三) 數據不完整或計算錯誤；
(四) 不恰當的數據處理方法，如不確定性、抽樣方法等。
必要時，核查機構可對不符合的整改進行現場驗證。
核查機構根據文件審查和現場訪問的核查發現，編制核查報告，核查報告真實、客觀、邏輯清晰，報告內容包括：
(一) 核查目的、范圍及準則；
(二) 核查過程和方法；
(三) 重點碳排放單位的基本信息；
(四) 重點碳排放單位的邊界描述和排放源種類；
(五) 《核算指南》符合性；
(六) 核查機構所使用的假設條件、參考依據和取值差異；
(七) 測量設備校準的符合性；
(八) 二氧化碳排放量計算過程及數據，數據的不確定性；
(九) 本年度新增排放設施的核查；
(十) 監測計劃的核查；
(十一) 核查結論；
(十二) 開具的不符合項及后續整改情況；
(十三) 對今后數據核算活動的建議；
(十四) 其他需要說明的相關事項。
核查機構在完成內部技術復核后，將核查報告交指定的報告授權人簽字完成最終核查報告的簽發，提交委托方。
核查機構以安全和保密的方式保管核查過程中的全部書面和電子文件，保存期至少十年，保存文件包括：
(一) 與委托方簽訂的核查協議；
(二) 與重點碳排放單位的溝通記錄；
(三) 核查過程中從重點碳排放單位獲得的所有證明文件；
(四) 投訴和申訴以及任何后續更正或改進措施的記錄；
(五) 最終核查報告；
(六) 其他相關資料。
